他们给微型“果蔬杀手”橘小实蝇精准测序
在人类与害虫的无声较量中，传统农药逐渐失效，绿色防控技术亟待突破，破译害虫的基因密码成了获胜的关键所在。高质量的基因组图谱，如同一张“地图”，为开发新的绿色防治手段，靶标的精准发现与定位提供了关键指引。
12月3日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）研究员王桂荣课题组联合研究员崔鹏课题组在《自然—通讯》上发表研究论文。
橘小实蝇。中国农科院供图
该研究以“果蔬杀手”橘小实蝇为研究对象，成功构建了在小个体高杂合害虫中最完整的基因组图谱，并在Y染色体区域和气味受体基因家族进行了潜在绿色农药分子靶标挖掘与验证。研究为基于害虫功能基因组学手段的防控分子靶标发现以及实蝇类害虫的绿色防控技术研发提供了新思路。
一只橘小实蝇仅能提取1微克DNA
橘小实蝇因其食性杂、寄主广、繁殖力强，被称为果蔬界的“头号杀手”。想要“看清”它们，并不是一件容易的事，因为橘小实蝇的体长仅有8毫米，是典型的小个体农业害虫。
论文共同通讯作者王桂荣告诉《中国科学报》，小体型决定了其能够提供给研究测序的DNA起始量有限，单个橘小实蝇能提取的DNA含量仅有1微克，无法达到传统测序建库至少需要5微克DNA的要求。
另一方面，橘小实蝇的基因组高度杂合，这意味着基因组“地图”上存在多个高度相似的“地点”，如何辨别并正确标识它们是决定“地图”质量好坏的关键。
近年来，研究人员陆续发布了多个橘小实蝇基因组版本，然而，这些基因组大多基于混合个体组装，尤其是在中心粒、性染色体这些富含重复的基因序列区域有较多的“盲区”，最后得出的“地图”并不算完美。
论文共同通讯作者崔鹏介绍，理想情况下，从染色体一端的端粒到另一端的端粒应该连续完整，但此前发布的基因组序列中由于重复DNA序列或未知基因组区域产生了多处空白。这就像一幅关键区域缺失或模糊不清的地图，虽然我们能看清大致的轮廓分布，但关键的地标信息却丢失了。
“这些空白严重限制了人们对橘小实蝇生物学特性的深入理解。”王桂荣说，假设其强大的环境适应性和抗药性可能就隐藏在这些重复序列构成的“盲区”之中，而开发高效的绿色防控技术迫切需要一份能清晰标注关键位置信息的“完整地图”。
用互补技术重建“基因地图”
为了构建更完整、准确的“基因地图”，研究团队提出了一种新的组装策略。他们以单个体雄虫的测序数据作为基本骨架，整合群体测序数据，利用不同的测序技术相互补充。
这是一个不同寻常的选择。崔鹏介绍，在以往的研究中，由于技术限制，科研人员常常需要将不同只昆虫混合在一起，以达到传统测序所需的DNA量。
有时，为了降低分析难度，会特意选择遗传背景更简单的雌虫，因为雌虫没有Y染色体。但这就像把许多张相似但不完全一样的地图碎片混在一起拼图，最终拼出的地图会充满重叠的“重影”，模糊不清。
“更重要的是，这种方法会完全丢失只有雄虫才拥有的Y染色体地图，而这部分信息对于理解雄性发育和开发针对雄虫的防控技术至关重要。”崔鹏说。
论文共同第一作者、基因组所（大鹏湾实验室）副研究员刘伟介绍，他们在单体雄虫的基础上，成功组装出了接近600 Mb、中心粒和端粒区域较为完整，并包含性染色体的T2T级别基因组。他们进一步将通过T2T组装流程获得的基因组与使用常规基因组组装流程获得的组装结果进行了比较，证实新组装流程在基因组图谱构建质量上有显著提升。
王桂荣强调，与其他橘小实蝇基因组参考版本相比，新的基因组“地图”首次实现了从端粒到端粒的无缺口完整覆盖，填补了以往基因组中高度重复的复杂区域留下的空白。比如染色体末端的端粒结构和在细胞分裂中起关键作用的着丝粒区域，还包含大量重复序列的Y染色体全序列。
高清“地图”带来惊喜发现
这张高清基因"地图"给研究团队带来了惊喜发现。新序列识别出多个以往未发现的串联重复基因簇，尤其是气味受体基因家族，这些结构在橘小实蝇的寄主识别和环境适应中可能发挥重要作用。
论文共同第一作者、基因组所（大鹏湾实验室）副研究员林强介绍，他们深入解析了基因组“盲区”——中心粒和性染色体区域。
结果发现，橘小实蝇的中心粒区域由三种不同类型的卫星DNA组成，呈现出从中心区向两端异质性逐渐递减的分布规律。这些重复单元的总长度超过40 Mb，其中包含两种存在于所有常染色体上的泛着丝粒DNA，以及一种特异性定位于X染色体上的着丝粒DNA。
他们进一步获得了两种性染色体。其中，X染色体包含约578个基因，Y染色体包含约52个基因。对于X染色体，其表达基因能够观察到明显的剂量补偿效应，同时有线粒体基因组插入的现象。他们首次在Y染色体上鉴定到一个在雄虫全组织表达的ATP合成酶β亚基基因，推测与雄虫生命活动的高能需求相关。
论文共同第一作者、东北林业大学联培博士生王齐介绍，他们的工作还发现了新的气味受体基因。通过全基因组鉴定，在橘小实蝇中发现了110个候选气味受体基因，其中超过半数的气味受体基因表现出2至10个成员的串联复制。其中，BdorOR88a对昆虫食诱剂甲基丁香酚引诱雄虫具有一定的调控作用，但并不是其主要的嗅觉受体。而团队研究鉴定出的主要嗅觉受体是BdorOR94b1。
该研究综合运用多种三代测序技术，提出了一种适用于小个体高杂合昆虫的单个体基因组组装策略，成功完成了橘小实蝇端粒到端粒基因组，填补了现有基因组的“盲区”，解析了中心粒，性染色体等高重复结构区域，挖掘出了Y染色体特异性基因和气味受体等潜在的绿色防控技术靶标，为害虫绿色防控技术的研发与优化提供了高质量参考基因组资源。
相关论文信息：https://www.nature.com/articles/s41467-025-65870-1
本文链接：http://www.gihot.com/show-11-29150-0.html他们给微型“果蔬杀手”橘小实蝇精准测序
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