研究提出可用于基因元件高通量定量表征新技术
近日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所金帆团队开发了一种基于显微镜的高通量原位表征技术，该平台在一次实验中实现对96个独立菌株或实验条件进行同时筛选，显著加速了各种生物系统中基因元件的识别和表征。相关研究成果发表于学术期刊mLife。
合成生物学的发展依赖于对各种基因元件的筛选和定量表征，以组装具有特定功能的基因回路。然而，传统的显微技术在高通量筛选方面存在瓶颈，包括实验中样本的准备工作较为繁琐，难以实现对大规模样本的高通量筛选，在单细胞水平上的动态分析受到限制，难以追踪基因元件在细胞内的动态变化。
对此，金帆团队开发了一种创新的高通量显微平台，旨在加速基因元件的筛选和表征，它具有高通量、自动化和快速扫描的特点，从样品制备到数据的自动化采集可在30分钟内完成，使得样本的准备和筛选变得更加高效。同时还可以在单细胞水平上进行了详细的分析，包括对生长速率等细胞特征的测量，为研究提供了更为全面的数据。
通过该平台，研究人员对铜绿假单胞菌内的3025个天然内源启动子进行了筛选。鉴定出了一批鲁棒型启动子，这些启动子在不同的生长条件下仍能保持基因表达的稳定性。随后，研究人员在单细胞水平上定量表征了细菌生长速率对启动子鲁棒性的影响，为探索启动子鲁棒性的机制提供了更全面的定量表征数据。研究团队进一步对这些鲁棒型启动子进行了系统的分析，验证了这些鲁棒性启动子在不同生物系统中的通用性。
据介绍，该平台具有的多功能性、兼容性和自动化能力，不仅解决了传统显微技术的局限性，也为合成生物学、基因工程、生物医学等领域的研究提供了强大的工具，有望在推动这些领域的科学进展和技术创新中发挥关键作用。
相关论文信息：https://doi.org/10.1002/mlf2.12096
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